Agencija za akreditaciju visokoškolskih ustanova Republike Srpske izdala je rešenje o akreditaciji Panevropskom univerzitetu „Apeiron“, 24. marta 2016. godine, pod brojem 01/1.3.74/16. Rešenjem koje važi do marta 2021. godine, potvrđen je standard kvaliteta rada Univerziteta.
Od devet kriterijuma koje je Agencija vrednovala: razvoj i strategija visokoškolske ustanove, upravljanje, unutrašnje obezbeđenje kvaliteta i kultura kvaliteta, procedure i obezbeđenje kvaliteta studijskih programa, ocenjivanje studenata, ljudskih resursa, kvaliteta fizičkih resursa, informacionih sistema, prezentacije informacija za javnost i međunarodne saradnje, četiri su dobila ocenu “VŠU pretežno ispunjava zahtev”, a pet je ocenjeno sa “VŠU u potpunosti ispunjava zahtev”.
Ovakav ishod rezultat je provere krucijalnih elemenata kvaliteta, ustanovljenog načina funkcionisanja Univerziteta “Apeiron”, te analize svih dokumenata i procedura prilikom posete visokoškolskoj ustanovi.
Eksterna evaluacija je urađena proverom nivoa ispunjenosti zahteva ESG (European Standards and Guidelines) standarda i kriterijuma za akreditaciju visokoškolskih ustanova u izvođenju studijskih programa Panevropskog univerziteta.
Podnošenju aplikacije za akreditaciju prethodila je obimna i sveobuhvatna interna samoevaluacija kvaliteta (ukupno šest redovnih godišnjih samoevaluacija u periodu 2010-2015. godine), u skladu sa Standardima i smernicama za osiguranje kvaliteta u evropskom prostoru visokog obrazovanja i Kriterijumima za akreditaciju visokoškolskih ustanova u BiH, te u skladu sa Procedurom za akreditaciju visokoškolskih ustanova (HEAA PR114:sep. 2011).
Akreditacija je ravnopravno smestila Panevropski univerzitet u jedinstven prostor evropskog visokog obrazovanja, u kojem su ova visokoškolska ustanova uopšte, ali i njene diplome prepoznate i prihvaćene, kao i njeni studenti i nastavnici u razmeni sa profesorskim kadrom i studentima ostalih visokoškolskih ustanova Evrope. Ova akreditacija, obavezna po bolonjskoj deklaraciji, verifikovala je diplomu svršenog studenta Panevropskog univerziteta kao jednaku u borbi sa diplomama ostalih visokoškolsih ustanova na modernom, evropskom i domaćem tržištu rada, te potvrdila da je sistem kvaliteta po kojem Panevropski univerzitet provodi svoju misiju, edukuje i obrazuje u samom vrhu najboljih visokoškolskih ustanova ovih prostora.
Nakon institucionalne akreditacije, Panevropski univerzitet u skorom narednom periodu planira i reakreditaciju studijskih programa. Trenutno, za svih 19 studijskih programa koje pohađaju studenti, Univerzitet “Apeiron” poseduje licence odobrene od strane Ministarstva prosvete i kulture Republike Srpske, koje istoveremeno predstavljaju i početnu akreditaciju, a prema Zakonu o visokom obrazovanju Republike Srpske (Službeni glasnik Republike Srpske broj 73/10, član 26, stav 4).
